Ο Αλέξης Κούγιας λόγω της επαγγελματικής του σχέσης με τον Δημήτρη Γιαννακόπουλο βρέθηκε στο στόχαστρο του εισαγγελέα που ψάχνει την υπόθεση του ματς Ξάνθη – Παναθηναϊκός 3-2 του 2008.